Na niespełna rok wyjechał na Ukrainę, by działać jako ojciec duchowny w seminarium kijowskim. Powrócił wiosną 2007, gdyż został mianowany ojcem duchownym duchowieństwa archidiecezji warszawskiej. Od 2017 roku odprawia Msze święte w klasycznym rycie rzymskim dla młodzieży warszawskiej związanej z Tradycją Łacińską.
W 2023 r został wyróżniony przez Instytut Pamięci Narodowej tytułem „Kustosz Pamięci Narodowej”. thumb|left|Jan Sikorski (w pierwszym rzędzie pośrodku) podczas pogrzebu Grzegorza Przemyka thumb|240px|Jan Sikorski odprawia Mszę Świętą dla młodzieży, 2017 thumb|240px|Jan Sikorski odprawia Mszę Świętą na pielgrzymce akademickiej dla grupy Biało-Czarno-Czerwonej, 2017
Pomoc internowanym i msze za Ojczyznę Pod koniec 1981 ks. Sikorski został oddelegowany przez prymasa Józefa Glempa do duszpasterstwa wśród internowanych w więzieniu na warszawskiej Białołęce, a po śmierci ks. Jerzego Popiełuszki (1984), został odpowiedzialnym za odprawianie mszy św. za Ojczyznę w kościele św. Stanisława Kostki na Żoliborzu. Był też honorowym kapelanem „Solidarności” regionu Mazowsze.