Bożnica funkcjonowała do czasów II wojny światowej. Podczas wojny synagoga uniknęła bombardowań, jednak doznała pewnych zniszczeń. Po wojnie mieścił się w niej magazyn soli oraz pomieszczenia produkcyjne. Planowano utworzenie w niej zakładu elektrograficznego, jednak plany te nie powiodły się z powodu protestów mieszkańców miasta.
W 1992 roku, po odzyskaniu niepodległości przez Litwę, synagogę planowano odrestaurować i przekształcić w miejską galerię sztuki. W latach 1992–1993 przeprowadzono badania obiektu, w tym szczegółowe badania znajdujących się w nim polichromii. Po wykonaniu badań opracowano projekt, jednak ze względu na przemiany ekonomiczno-społeczne w kraju i wynikający z nich brak funduszy nie doszło do jego realizacji.
W 2009 roku powrócono do pomysłu adaptacji opuszczonej synagogi wraz z domem rabina, tym razem na potrzeby dzieci i młodzieży. Projekt został przygotowany przez architekta Rimasa Grigasa, jednak podobnie jak poprzedni nie został zrealizowany z powodu braku funduszy.