C. barabensis zaliczany do grupy gatunkowej barabensis. W 1867 roku H. Milne-Edwards opisał gatunek C. griseus, który później uznano za podgatunek chomiczaka pręgowanego, a następnie ponownie za odrębny gatunek. Jego status pozostaje niepewny, ale współcześnie C. griseus jest najczęściej uznawany za młodszy synonim lub podgatunek C. barabensis. Nastąpiło spore zamieszanie dotyczące taksonomii tego gatunku oraz nazw griseus i pseudogriseus; wszystkie trzy taksony mają różne kariotypy (griseus 2n = 22, pseudogriseus 2n = 24 i barabensis 2n = 20), ale wszystkie formy mogą się z powodzeniem krzyżować. Rozpoznano aż sześć podgatunków, ale badania przeprowadzone w 2019 roku w oparciu dane genetyczne rozróżniły pięć odrębnych form. Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World rozpoznają pięć podgatunków.
Etymologia Cricetulus: rodzaj Cricetus (chomik); łac. przyrostek zdrabniający -ulus. barabensis: Nizina Barabińska, zachodnia Syberia, Rosja. ferrugineus: łac. ferrugineus „rdzawy”, od ferrugo, ferruginis „rdza”, od ferrum „żelazo”. griseus: nowołac. griseum, griseus lub grisius „szary”. pseudogriseus: gr.