W 1943 został awansowany do stopnia majora w PSZ i do stopnia wing commander (podpułkownika) w RAF.
Po walkach w Afryce Anglicy zaoferowali Skalskiemu dowództwo (jako drugiemu Polakowi w historii, po Jerzym Jankiewiczu)Andrzej R. Janczak Ostatni lot, Warszawa 1979, s. 91 brytyjskiego 601 dywizjonu RAF, który brał udział w desancie na Sycylii. Skalski dowodził nim od 4 lipca do 20 października 1943. Skalski następnie powrócił do Anglii i w grudniu 1943 został dowódcą polskiego 131 Skrzydła Myśliwskiego, w składzie dywizjonów: 302, 308, 317. Od kwietnia 1944 dowodził polskim 133 Skrzydłem Myśliwskim (dywizjony: 306, 315, brytyjski 129), które podczas D-Day osłaniało i wspierało lądujących w Normandii żołnierzy. Latał wówczas myśliwcem P-51 Mustang III. 24 czerwca 1944 zaliczono mu ostatnie zwycięstwa, odniesione w nietypowy sposób – dwa zaatakowane przez niego nad Francją myśliwce Bf 109, zderzyły się ze sobą.