W skład mikrobioty wchodzą również wirusy i mikroorganizmy eukariotyczne.
Znaczenie mikrobioty jelitowej u człowieka Tradycyjnie szacowano, że ludzie żyją z liczbą komórek bakteryjnych dziesięciokrotnie przewyższającą liczbę komórek ludzkich. Nowsze szacunki jednak wskazują na najbardziej prawdopodobny stosunek wynoszący około 1:1.
Bakterie bioty jelitowej znajdują się przede wszystkim w jelicie grubym i stanowią do 80% masy kału. Około 300-1000 gatunków bakterii wchodzi w skład mikrobioty jelitowej, z czego najczęściej wymienia się ok. 500 gatunków. 800 gatunków bytuje w jelicie grubym. 30-40 gatunków składa się na 99% wszystkich bakterii mikrobioty jelitowej. Także grzyby i pierwotniaki wchodzą w skład mikrobioty jelitowej, lecz niewiele wiadomo o ich działaniach. Zsekwencjonowano w tym środowisku co najmniej 3,3 mln genów.
Relacje między gospodarzem a biotą bakteryjną nie polegają wyłącznie na komensalizmie, lecz są rodzajem korzystnej symbiozy.