Na początku listopada 1918 r. wstąpił do wojsk Białych gen. Antona I. Denikina. Mianowano go feldfeblem w 1 Oficerskiej Baterii Artylerii Odeskiego Centrum Armijnego. Od poł. listopada tego roku pełnił obowiązki oficera sztabowego do poruczeń w sztabie Centrum. Pod koniec kwietnia 1919 r. przeniesiono go do sztabu Samodzielnej Odeskiej Brygady Strzeleckiej. Został oberoficerem do poruczeń. Od początku maja tego roku pełnił funkcję starszego adiutanta w sztabie Brygady. Po odwrocie Brygady do Rumunii i przewiezieniu morzem do Noworosyjska została ona przeformowana w 7 Dywizję Piechoty. Jewgienij E. Messner uczestniczył w walkach na Donbasie, a następnie zdobyciu Carycyna. W połowie lipca pełnił obowiązki adiutanta w sztabie Oddziału Połtawskiego. Pod koniec grudnia mianowano go kapitanem. Pod koniec stycznia 1920 r. został odkomenderowany do Sztabu Głównego. Brał udział w Marszu Bredowskim, po czym wraz z pozostałymi wojskowymi został internowany w Polsce. Osadzono go w obozie w Pikulicach. Pod koniec lipca przybył na Krym. Od poł. sierpnia był członkiem komisji likwidacyjnej Oddziału Bredowskiego. Jednocześnie pełnił funkcję szefa sztabu Eupatoryjskiego Rejonu Tyłowego. Od poł. września w stopniu podpułkownika był oficerem Dywizji Korniłowskiej. Kilka dni później objął obowiązki szefa sztabu Dywizji.