Siedzibą Muzeum Miasta Gdyni stał się tzw. Domek Abrahama przy ul. Starowiejskiej 30, natomiast działalność merytoryczno-wystawiennicza realizowana była w Pawilonie Wystawowym przy ul. Waszyngtona 21. Docelowe budynki Muzeum miały zostać wybudowane na Kamiennej Górze, przy ul. Korzeniowskiego 9 i 12. Zmieniające się koncepcje i plany odnośnie do przyszłej lokalizacji siedziby stałej spowodowały, że projekt ten nie został zrealizowany. Finalnie zdecydowano o budowie nowoczesnego gmachu w atrakcyjnym pod względem turystycznym miejscu przy ul. Zawiszy Czarnego. Na mocy porozumienia władz miasta z dowództwem Marynarki Wojennej RP budynek miał pomieścić Muzeum Miasta Gdyni oraz Muzeum Marynarki Wojennej, dwa odrębne i niezależne od siebie podmioty prawno-instytucjonalne. Zadaniem zespołu merytorycznego muzeum, na czas realizacji tej inwestycji była aktywność w sferze wystawienniczej w Sali Wystawowej w Centrum Gemini, którą dzierżawiono w latach 2001–2007 oraz w innych miejscach w przestrzeni publicznej miasta. Moment przejęcia nowej siedziby i przygotowania do otwarcia Muzeum stały się sprawdzianem sprawności organizacyjnej i dojrzałości merytorycznej zespołu pracowniczego Muzeum.