Wkrótce jednak z patron parafii – jeden z książąt brzeskich – ofiarował fundusze na odbudowę kościoła, którą ukończono w 1660 r.
Po śmierci ostatniego z Piastów śląskich, Jerzego Wilhelma, w 1675 r. całe księstwo brzeskie, w tym i Kluczbork, przeszedł we władanie katolickiej dynastii Habsburgów. Kościół wówczas na siedem lat (1700–1707) przeszedł w ręce katolików, lecz w 1708 r. odzyskali oni swój kościół w wyniku ugody altransztadzkiej z 1707 r., w wyniku której sytuacja ewangelików na Śląsku poprawiła się.
Następny pożar w 1737 r. znowu poczynił duże zniszczenia – prawie całkowicie została zniszczona wieża kościoła, której odbudowa trwała do 1754 r. W zachodniej części kościoła dobudowano drugą nawę, Drewniany sufit zmieniono na ceglany. Ponadto w latach 1743–1745 dokonano gruntownej przebudowy wnętrza kościoła, które do 1760 r. przybrało obecny wygląd – powstał ołtarz, ambona, chrzcielnica i prospekt organowy. Kościół utrzymany jest w białym i złotym kolorze, zdobiony rzeźbami i płaskorzeźbami. W latach 1795–1797 nadbudowano górną kondygnację wieży, a w 1806 r. zamontowano na niej zegar. Około 1820 r. zmieniono pokrycie dachu gontowe na dachówkę. W południowej części kościoła w 1824 r. dobudowano zakrystię, przebudowaną w 1854 r.