Kiedy jednak Kutuz nie oddał Bajbarsowi wcześniej obiecanego Aleppo ten zawiązał spisek i 24 października 1260 roku zamordował go, a następnie objął sułtanat.
thumb|Mauzoleum Bajbarsa w Damaszku, widoczny mihrab i fryz mozaikowy Wykorzystując obalenie kalifatu Abbasydów przez Mongołów Bajbars w roku 1261 ustanowił marionetkowego kalifa w Kairze w osobie niejakiego Al-Mustansira, podobno wywodzącego się od Abbasydów. Kalifat ten miał trwać przez cały okres panowania mameluków, którzy czerpali polityczne korzyści z bycia protektorami nominalnej głowy islamu, chociaż nie uznawała go większość państw muzułmańskich. Dla zabezpieczenia się przed mongolskimi Ilchanidami Bajbars w roku 1263 zawarł sojusz z nawróconym na islam chanem Złotej Ordy Berke (1257–1267).
W latach 1263–1271 podjął szereg wypraw na państwa krzyżowców – w roku 1263 zdobył Nazaret, w roku 1266 twierdzę templariuszy Safed, w roku 1268 Antiochię, co zakończyło historię księstwa Antiochii, a w roku 1271 najpotężniejszy z zamków krzyżowców, należący do joannitów Krak des Chevaliers. W roku 1272 Bajbars zawarł jednak rozejm z Boemundem VI, co było spowodowane przybyciem do Ziemi Świętej wojsk angielskiego księcia Edwarda I, który z trudem uniknął śmierci na skutek zamachu prawdopodobnie inspirowanego przez Bajbarsa.