W 2002 roku Da Silva powrócił do ojczyzny. Przez dwa lata występował w drużynie Club Libertad. Zarówno w 2002, jak i 2003 roku wywalczył swoje pierwsze dwa mistrzostwa Paragwaju w karierze. Latem 2003 wyjechał do Meksyku. Podpisał kontrakt z zespołem Deportivo Toluca, w którym od razu wywalczył sobie miejsce w podstawowym składzie. W 2005 roku został mistrzem fazy Apertura, a w 2006 wicemistrzem. W tamtym roku dotarł też do półfinału Copa Sudamericana. 31 grudnia 2007 roku został wybrany do jedenastki roku, piłkarzy grających w Ameryce Południowej według urugwajskiego El Pais.
4 lipca 2009 roku podpisał kontrakt z Sunderlandem.
Od sezonu 2012/2013 grał w CF Pachuca.
Statystyki kariery Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1997 Cerro Porteño Primera División 5 0 1998 Cerro Porteño Primera División 25 2 1998/99 AC Perugia Serie A 0 0 1999/00 Club Atlético Lanús Primera División 6 1 2000/01 SSC Venezia Serie B 5 0 2001/02 Cosenza Calcio Serie B 29 0 2002 Club Libertad Primera División 30 2 2003 Club Libertad Primera División ? ?