Najbardziej zakonspirowanym oddziałem Naczelnej Komendy Straży Mazurskiej był Oddział II – wywiadowczy. Prowadził on działania wywiadowcze na terenie całych Prus Wschodnich ze szczególnym uwzględnieniem terenów oraz spraw związanych z plebiscytem. Jego komendantem został ppor. Stanisław Zenon Zakrzewski oficer Oddziału II SG (pseudonim Zenon Skiba) formalnie będący urzędnikiem Konsulatu Generalnego RP w Olsztynie. Oddział II NKSM posiadał agentów i informatorów w niemieckich jednostkach wojskowych, organizacjach paramilitarnych, partiach politycznych, a także w alianckiej Komisji Międzysojuszniczej. Zbierał informacje nie tylko o niemieckich przygotowaniach wojskowych na pograniczu, transportach broni i amunicji itp., lecz także o stosunkach panujących w Komisji Międzysojuszniczej i w niemieckich organizacjach oraz komitetach plebiscytowych. Z tych ostatnich informacji korzystały również polskie komitety plebiscytowe, w których zresztą Oddział II także posiadał informatorów. Oddział II NKSM zdobywał informacje nie tylko na potrzeby polskiej akcji plebiscytowej. W 1920 r. był najważniejszym ogniwem w systemie polskiego wywiadu na kierunku Prus Wschodnich.