W kwietniu 1897 roku przyjechał do Krakowa do przyjazdu nakłonił go Odo Bujwid pozostał tutaj przez 2 lata, ożenił się w tym czasie z Zofią Lubomęską, córką Władysława Ruperta Lubomęskiego profesora Studium Rolniczego na Uniwersytecie Jagiellońskim. W tym małżeństwie urodziło się później czworo dzieci – dwie córki i dwóch synów.

Profesor higieny na Uniwersytecie we Lwowie (1899–1906), następnie profesor chemii lekarskiej na tejże uczelni (1906–1919). Należał do Związku Młodzieży Polskiej „Zet” i Stronnictwa Demokratyczno-Narodowego, a od 1907 do Ligi Narodowej Stanisław Kozicki, Historia Ligi Narodowej (okres 1887-1907), Londyn 1964, s. 570.. W czasie obrony Lwowa przed Ukraińcami w listopadzie 1918 roku był członkiem Komitetu Bezpieczeństwa i Obrony Dobra PublicznegoCzesław Mączyński, Boje lwowskie, cz. 1, Warszawa 1921, s. 203. (który pełnił funkcje lokalnego rządu, składał się z kilku resortów i sprawował władzę w części miasta kontrolowanej przez Polaków). O Lwów najstarszy syn Bądzyńskiego Stefan jako uczeń gimnazjum. W 1920 Stefan brał udział w wojnie z najazdem bolszewickim. Zginął na Wołyniu odznaczony Krzyżem Walecznych oraz Virtuti Militari.