W 1945 wyjechał do Łodzi, gdzie został adiunktem w Katedrze Nauki o Środkach Spożywczych na Uniwersytecie Łódzkim, równocześnie pracował w centrali Państwowego Zakładu Higieny, kierując oddziałem toksykologii. Po obronie pracy habilitacyjnej z zakresu toksykologii został przeniesiony do Zakładu Higieny Pracy PZH, gdzie prowadził prace badawcze nad toksykologią przemysłową. Kolejnym miejscem pracy było Wojskowe Centralne Laboratorium Sanitarno-Higieniczne, równocześnie objął funkcję prodziekana Wydziału Lekarskiego łódzkiej Akademii Medycznej. Zainicjował prace nad przekształceniem Wojskowego Centralnego Laboratorium Sanitarno-Higienicznego w Wojskowy Instytut Higieny i Epidemiologii, zmiana ta została dokonana w 1955, a Maksym Nikonorow był pierwszym komendantem tej instytucji. W tym samym roku objął stanowisko zastępcy kierownika Zakładu Badania Żywności i Przedmiotów Użytku w łódzkim oddziale PZH, w 1962 awansował na stanowisko kierownika i pełnił je do 1981. W 1964 został profesorem zwyczajnym, a pięć lat później przyjęto go do Polskiej Akademii Nauk jako członka korespondencyjnego, przewodniczył Komitetowi Ekologii Człowieka PAN. W roku 1985 na Akademii Medycznej w Łodzi odbyła się uroczystość nadania tytułu doktora honoris causa.