1 stycznia 1936 został posłem RP w Rydze, a po nawiązaniu stosunków dyplomatycznych z Litwą w marcu 1938 – posłem nadzwyczajnym i ministrem pełnomocnymRocznik Służby Zagranicznej Rzeczypospolitej Polskiej według stanu na 1 kwietnia 1938, Warszawa 1938, s. 41., pierwszym reprezentantem RP w Kownie. Na stanowisku tym podpisał polsko-litewską konwencję w sprawach poczty i telekomunikacjiKonwencja między Rzecząpospolitą Polską i Republiką Litewską w sprawach poczty i telekomunikacji podpisana w Kownie 2 maja 1938 r. (Dz.U. 1938 nr 47 poz. 377). Po zawarciu układu sowiecko-litewskiego z 10 października 1939, przekazującemu Wilno Litwie, Franciszek Charwat w proteście przeciw temu aktowi złożył notę protestacyjną 12 października, a wraz z personelem poselstwa opuścił Litwę w dniu 16 października 1939Piotr Łossowski: Litwa a sprawy polskie 1939–1940, PWN Warszawa 1982, s. 53..
Dotarł do Francji, gdzie zarzucono mu samowolne zlikwidowanie placówki w Kownie. Po upadku Francji wyjechał do Portugalii, stamtąd do Brazylii, gdzie zmarł na atak serca.