Informacje prawne Itaka – Centrum Poszukiwań Ludzi Zaginionych jest niezależną, zarejestrowaną w Polsce organizacją pozarządową, posiadającą status fundacji. Nadzór nad Itaką sprawuje minister spraw wewnętrznych oraz niezależna Rada złożona z wolontariuszy. Organizacja została ustanowiona aktem notarialnym z dnia 25 stycznia 1999 roku, do Krajowego Rejestru Sądowego została wpisana 22 sierpnia 2002 roku. Raporty finansowe i merytoryczne są co roku publikowane na stronie internetowej fundacji oraz na stronie Ministerstwa Pracy i Polityki Społecznej. Publiczne kampanie fundraisingowe przeprowadzane są po wydaniu zgody Ministerstwa Spraw Wewnętrznych.
Struktura Zarząd (funkcje pełnione społecznie): Alicja Tomaszewska – prezes zarządu Anna Jurkiewicz – wiceprezes zarządu Izabela Jezierska-Świergiel – sekretarz zarządu
Rada Fundacji (funkcje pełnione społecznie): Irena Dawid-Olczyk – Fundacja La Strada Bożena Dudko – fundator Elżbieta Oyrzanowska dr Barbara Passini – Dyrektor Krajowego Ośrodka Opiekuńczo-Adopcyjnego Towarzystwa Przyjaciół Dzieci dr Joanna Staręga-Piasek – Dyrektor Instytutu Rozwoju Służb Społecznych Wojciech Tochman – fundator prof. Jan Widacki – poseł na Sejm RP (przewodniczący) prof.