Dorobek naukowy W dorobku naukowym Bielschowsky’ego znajduje się ponad 180 prac z dziedziny neuropatologii. Zajmował się między innymi patologią stwardnienia guzowatego, ceroidolipofuscynozą (której postać niemowlęca określana jest niekiedy jako choroba Bielschowsky’ego lub choroba Jansky’ego-Bielschowsky’ego), chorobą Parkinsona, pląsawicą Huntingtona i dystrofią miotoniczną (razem z Maasem i Ostertagiem). Pisał rozdziały do podręczników; do podręcznika Lewandowskiego sporządził rozdział o półpaścu i o ogólnej neurohistologii i neuropatologii.
W 1886 roku wraz z Paulem Schusterem opisał zmiany histopatologiczne w stwardnieniu rozsianym. Pionierskie prace Bielschowsky’ego nad metodami barwienia skrawków histologicznych doprowadziły do opracowania nowej metody srebrzenia włókien nerwowych, która zastąpiła historyczną metodę Cajala i określana jest do dziś jako metoda Bielschowsky’ego. Pod tą samą nazwą znane są jeszcze co najmniej dwie opracowane przez Bielschowsky’ego techniki: metoda barwienia czerwienią Kongo uwidaczniająca płytki amyloidowe, i metoda srebrzenia, również znajdująca zastosowanie w uwidacznianiu płytek. Metoda Bielschowsky’ego-Hirana to również metoda srebrzenia, zmodyfikowana przez Asao Hirano. W 1924 Bielschowsky i Stanley Cobb opracowali metodę barwienia przyżyciowego.