Zadebiutowała w prestiżowym „teatrze gwiazd”, u dyr. Zygmunta Hubnera, na deskach warszawskiego Teatru Powszechnego, gdzie występowała w latach 1978–1992, będąc jeszcze studentką III roku wydziału aktorskiego PWST. Jej debiutem scenicznym była rola Amelii w przedstawieniu Federico Garcíi Lorki „Dom Bernardy Alba” (1978) w reżyserii Janusza Wiśniewskiego oraz Miranda w „Burzy” (1978/1979) Szekspira. W ciągu 14 lat pracy scenicznej Danuta Kowalska zagrała wiele różnorodnych i interesujących ról teatralnych u boku m.in. Janusza Gajosa, Bronisława Pawlika, Franciszka Pieczki, Władysława Kowalskiego, Kazimierza Kaczora, Piotra Machalicy, Stanisława Zaczyka, Edmunda Fettinga, Olgierda Łukaszewicza, Jerzego Zelnika oraz Anny Seniuk, Mirosławy Dubrawskiej, Elżbiety Kępińskiej, Ewy Dałkowskiej, Joanny Żółkowskiej.