główne role grają lalki Barbie i Ken. Publiczne odtwarzanie i rozpowszechnianie filmu było prawnie zakazane ze względu na naruszenie praw autorskich twórcy muzyki wykorzystanej w filmie. Wyreżyserował teledysk zespołu Sonic Youth do utworu „Disappearer” (1990).
Jego pełnometrażowym debiutem był dramat fantastycznonaukowy Poison (1991) oparty na różnych powieściach Jeana Geneta z Johnem Leguizamo. Film był eksperymentalnym połączeniem różnych formuł i konwencji gatunkowych, za sprawą pornograficznych scen wzbudzał kontrowersje, jednak został uhonorowany Wielką Nagrodę Jury na Sundance Film Festival, na Międzynarodowym Festiwalu Filmowym w Locarno i nagrodę Teddy na Międzynarodowym Festiwalu Filmowym w Berlinie, był także nominowany do Złotego Lamparta na Międzynarodowym Festiwalu Filmowym w Porto i Independent Spirit Awards.
Haynes sporadycznie pojawia się jako aktor, m.in. jako kierownik frenologii w dramacie kryminalnym Swoon (1992) z Craigiem Chesterem. W 1995 Haynes zrealizował dreszczowiec Schronienie (Safe) z Julianne Moore i Xanderem Berkeleyem. Film odnosił się do problematyki AIDS i przyniósł mu nagrodę FIPRESCI w Rotterdamie.