Po opuszczeniu NASA 1988 – po opuszczeniu NASA i wojska Bobko rozpoczął pracę w Booz, Allen & Hamilton Inc. w Houston. Odpowiadał za zagadnienia związane z programem załogowych lotów kosmicznych. Firma zajmowała się opracowywaniem symulatorów niezbędnych w systemie szkolenia astronautów oraz testowaniem i wyposażaniem obiektów wynoszonych na orbitę. Uczestniczyła również w pracach nad stworzeniem Międzynarodowej Stacji Kosmicznej. 2000 – w marcu został wiceprezesem ds. programu strategicznego w filii SPACEHAB, Inc. – Johnson Engineering w Houston. 2005 – został w SAIC (Science Applications International Corporation) menedżerem programu dla SimLabs – symulatorów znajdujących się w należącym do NASA Centrum Badawczego im. Josepha Amesa.
Nagrody i odznaczenia Defense Superior Service Medal Legion of Merit Distinguished Flying Cross Defense Meritorious Service Medal Meritorious Service Medal – dwukrotnie NASA Exceptional Service Medal – dwukrotnie NASA Space Flight Medal – trzykrotnie JSC Group Achievement Awards Nagroda Akademii Sił Powietrznych USA im. pułkownika Jamesa Jabary (Air Force Academy Jabara Award) (1983) Universal Astronaut Insignia za lot orbitalny (nr 115) – Stowarzyszenie Uczestników Lotów Kosmicznych ()