Sytuacja ekonomiczna Pakistanu była ciężka, w związku z sankcjami ekonomicznymi nałożonymi przez państwa zachodnie. Sharif popadł w konflikt z dowódcą armii Pervezem Musharrafem, który w 1999 roku przeprowadził zamach stanu, doprowadzając do aresztowania Sharifa i skazania go na dożywotnie więzienie. W 2000 uzgodniono zamianę kary na nakaz opuszczenia Pakistanu na 10 lat. Sharif wyszedł z więzienia i wyjechał do Arabii Saudyjskiej.
W 2007 roku pakistański Sąd Najwyższy orzekł, że Nawaz Sharif ma prawo do powrotu do kraju. Po przyjeździe został on jednak aresztowany i ponownie deportowany do Arabii Saudyjskiej. Pod koniec listopada 2007, Pervez Musharraf wyraził zgodę na powrót Sharifa, który przygotowywał się do wyborów parlamentarnych. Po śmierci Benazir Bhutto, jej mąż Asif Ali Zardari, jeden z liderów Pakistańskiej Partii Ludowej podpisał z Sharifem, reprezentującym Pakistańską Ligę Muzułmańską porozumienie o utworzeniu rządu koalicyjnego. Doprowadzili do ustąpienia Perveza Musharrafa ze stanowiska prezydenta, jednak rozmowy o wyborze jego następcy doprowadziły do wyjścia Sharifa z koalicji.