W sierpniu 2002 ośrodek ten uzyskał status samodzielnego przedstawicielstwa Rady Europy i funkcjonuje na terenie Centrum Europejskiego UW, jako Biuro Informacji Rady Europy, poza strukturą samego Uniwersytetu Warszawskiego.
W latach 1991–2005 zgodnie z porozumieniem zawartym z Komisją Europejską w Centrum Europejskim funkcjonował Ośrodek Informacji i Dokumentacji Wspólnot Europejskich, który w 2005 roku został przekształcony w Centrum Dokumentacji Europejskiej z siedzibą w bibliotece CE UW.
Kierunki Centrum Europejskie UW koordynuje i prowadzi międzywydziałowe studia europejskie na następujących kierunkach: stacjonarne (dzienne) pierwszego stopnia, europeistyka; niestacjonarne (wieczorowe) pierwszego stopnia, europeistyka; niestacjonarne (wieczorowe) pierwszego stopnia, stosunki międzynarodowe, specjalizacja integracja europejska; stacjonarne (dzienne) drugiego stopnia, europeistyka; niestacjonarne (wieczorowe) drugiego stopnia, europeistyka; uniwersyteckie europeistyczne studia trzeciego stopnia (podyplomowe) – internetowe.