Alcock znacząco przyczynił się do zorganizowania zarządu miejskiego tychże koncesji oraz służby celnej, która później wyewoluowała w Imperial Maritime Customs Service. W Szanghaju służył do momentu mianowania go konsulem generalnym w Japonii w 1858. Rok później objął kierownictwo misji brytyjskiej w tym kraju (po lordzie Elgin). Służył tam w czasach bardzo niespokojnych: w 1861 brytyjskie poselstwo w Tokio zostało zaatakowane przez rōninów (zabito dwóch Brytyjczyków, ale atak został odparty). Mimo to eksplorował i opisywał kraj (m.in. w czasopiśmie Królewskiego Towarzystwa Geograficznego), w którym stacjonował, m.in. podróżując przez Osakę do Nagasaki i wspinając się na górę Fudżi (jako pierwszy Europejczyk). W 1860 mianowany kawalerem Orderu Łaźni, dwa lata później otrzymując komanderię tego orderu.