W 741 lub 742 Würzburg stał się siedzibą biskupstwa. Na terenie diecezji würzburskiej mieszkały najdalej na zachód wysunięte plemiona Słowian z grupy Słowian połabskich. Dokument cesarza Ludwika Pobożnego napisany do biskupa Würzburga w latach 826–830, który odwołuje się do wydarzeń z czasów Karola Wielkiego, wspomina dwa słowiańskie plemiona Moinvinidi i Radanzwinidi mieszkające między rzeką Men i Rednitz. W dokumencie tym cesarz zaleca ochrzczenie tych plemion i zbudowanie dla nich kościołaJerzy Gąssowski, „Dzieje i kultura dawnych Słowian (do X wieku)”, Państwowe Zakłady Wydawnictw Szkolnych, Warszawa 1964.. Cesarz przyznał także biskupom Würzburga prawo celne.
Książęta biskupi mieli ogromny wpływ na rozwój miasta, co przejawia się m.in. w samym kształcie średniowiecznych miejskich dróg - ulice wzdłuż starego bastionu mają formę biskupiej czapki. Mieszkańcy miasta musieli jednak płacić na rzecz biskupów wysokie podatki i cła, co skutkowało licznymi buntami, także w czasie wojny chłopskiej w XVI w. obywatele Würzburga opowiedzieli się po stronie powstańców.