Sezon 1999/2000 Baronio spędził na wypożyczeniu w Regginie. Był tam podstawowym zawodnikiem i razem z „Amarantowymi” zajął jedenastą lokatę w tabeli Serie A. Po zakończeniu rozgrywek włoski pomocnik znów powrócił do Lazio, gdzie po raz pierwszy w swojej karierze zagrał w Lidze Mistrzów. W letnim okienku transferowym 2001 Baronio podpisał kontrakt z Fiorentiną, z którą grał w Serie A i Pucharze UEFA. „Fioletowi” z powodu ogromnych problemów finansowych zostali zdegradowani do Serie C2, a większość zawodników opuściło Stadio Artemio Franchi. Wśród nich był również Roberto, który przeniósł się do Perugii. W jedenastce „Grifoni” nie było jednak miejsca dla Włocha, który po zakończeniu sezonu odszedł do Chievo, gdzie mógł liczyć na częstsze występy.
Następnie Baronio po raz drugi w karierze trafił do S.S. Lazio, skąd został wypożyczony do Udinese Calcio, w barwach którego rozegrał dziesięć meczów w lidze i cztery w Pucharze UEFA. W sezonie 2006/2007 Lazio włoski zawodnik wystąpił tylko w jedenastu spotkaniach Lazio, a rok później dostał szansę gry w Lidze Mistrzów, w której ostatni raz pojawił się jeszcze w 2001. 1 września 2008 Barono został wypożyczony do drugoligowej Brescii Calcio. Po zakończeniu rozgrywek powrócił do Lazio.