Do 2002 był wydawany w Krakowie. Następnie, po zakupie tytułu przez szwajcarski koncern Edipresse Polska, siedzibę przeniesiono do Warszawy. Po przeniesieniu redakcji do Warszawy i zmianie zespołu redakcyjnego „Przekrój” zmienił swój styl, a większość stałych współpracowników zrezygnowała ze współpracy. 27 sierpnia 2009 roku wydawnictwo Edipresse poinformowało o sprzedaży tygodnika „Przekrój” Grzegorzowi Hajdarowiczowi. Od 1 lipca 2011 r. redakcja miała siedzibę ponownie w Krakowie (w części miasta Zabłocie), w Warszawie pozostawała tylko jej część. W październiku 2013 r. nowym właścicielem tygodnika „Przekrój” został fotograf Tomasz Niewiadomski. Ostatni numer „Przekroju” wydany przez Gremi Media ukazał się w poniedziałek 30 września 2013 roku.
W grudniu 2016 r. Tomasz Niewiadomski wznowił wydawanie pisma w formie kwartalnika poświęconego tematyce społecznej i kulturalnej, obejmując równocześnie stanowisko redaktora naczelnego.