W 1877 roku został privatdozentem w Monachium.
W 1878 roku wyruszył na wyprawę entomologiczną do Kolumbii, ale dotarł jedynie do Saint Thomas – wyprawa została przerwana z powodu śmierci jego przyjaciela, Eduarda Steinheila.
W latach 1879–1906 był profesorem psychiatrii na Uniwersytecie w Zurychu i dyrektorem kliniki psychiatrycznej, Burghölzli. Uczniami Forela byli m.in. Eugen Bleuler, Adolf Meyer, Hans Wolfgang Maier, Heinrich Johannes Bertschinger, Hans von Hattinberg, Wladislaus Onufrowicz, Pericles Vejas, Bronislaw Onuf-Onufrowicz.
W 1882 roku ożenił się z córką zmarłego przyjaciela, Emmą Steinheil (1865–1946).
W roku 1889 założył w Zurychu Asile d’Ellikon, instytucję zajmującą się leczeniem alkoholizmu. Klinika od 1984 nosi jego imię (Forel-Klinik).
W 1898 roku przeszedł na emeryturę, po czym osiadł w Chigny i później w Yvorne. Jego następcą na stanowisku dyrektora kliniki Burghölzli został jego uczeń Bleuler. Wciąż jednak był aktywny naukowo: w 1896 przedsięwziął wyprawę myrmekologiczną do Kolumbii, w 1899 propagował abstynencję od alkoholu w Kanadzie, następnie dał gościnny wykład z okazji dziesięciolecia Clark University at Worcester, Massachusetts, w 1902 uczestniczył w kongresie poświęconym psychologii sądowej w Rosji.