Kolejny poziom struktury to federacje regionalne lub zawodowe, niekiedy także federacje skupiające sekcje o tych samych konkretnych celach. W 1871 na terenie Jury istniało 27 sekcji, 11 w 1873 i 21 sekcji w 1876 r.

Ciałem koordynującym działalność Federacji Jurajskiej był komitet, w którym każda z sekcji miała swojego przedstawiciela. Corocznie starano się również przeprowadzać kongresy Federacji.

Z tej perspektywy działalność całej Międzynarodówki miała sprowadzać się do koordynowania działań sekcji, a Biuro Federalne – anarchistyczny odpowiednik Rady Generalnej – zajmować się wyłącznie statystyką i korespondencją. Taki charakter miała „Międzynarodówka antyautorytarna”, która powstała po rozłamie w Międzynarodówce na anarchistów i marksistów, po kongresie w Hadze w 1872 r. Decyzje dotyczące całej Międzynarodówki antyautorytarnej zapadały na corocznych kongresach, odbywających się rotacyjnie – organizowanych przez różne sekcje krajowe.