W 1868 z katorgi przeniesiony na dożywotnie osiedlenie do IrkuckaEmil Noiński, Irkuck i Syberia w dorobku naukowym i publicystycznym Mariana Dubieckiego, [w:] Polacy w Irkucku w XIX i XX wieku, redakcja naukowa Eugeniusz Niebelski, Lublin 2020, s. 271-284.. Na Syberii rozpoczął badania historyczne dziejów polskich Sybiraków, ogłaszane później w warszawskim „Tygodniku Ilustrowanym”Emil Noiński, Kresy Wschodnie w dorobku naukowym i publicystycznym Mariana Dubieckiego (1838-1926). Rekonesans badawczy, „Dialog Dwóch Kultur” 2019, nr 1, s. 354-364.. Był pierwszym autorem, który opracował życiorys Nicefora Czernichowskiego, polskiego zesłańca i założyciela państewka nad Amurem. W 1874 dostał pozwolenie na powrót do Rosji Europejskiej z wyłączeniem ziem polskich. Osiadł w Jekaterynosławie. W 1879 opublikował monografię Kudak, twierdza kresowa, nagrodzoną przez Akademię Umiejętności w KrakowieEmil Noiński, Kudak i Kozaczyzna zaporoska w świetle badań Mariana Dubieckiego, [w:] Stan badań nad wielokulturowym dziedzictwem dawnej Rzeczypospolitej, pod redakcją Wojciecha Walczaka, Katarzyny Wiszowatej-Walczak, t. 15, Białystok 2023, s. 359-380.. W latach 1880–1883 przebywał w Odessie.