Według autorów „Księgi” głównym źródłem problemów były sprzeczności w przepisach zwalniających z podatku VAT import pomocy naukowych, uchwalonych przez Sejm w 1993 i nieuchylanych później pomimo ustania powodów, dla których je wprowadzono (odpowiedzialnością za jakość ustaw podatkowych nie można obarczać wyłącznie Ministerstwa Finansów). Według Ministerstwa Finansów działania organów skarbowych były zgodne z procedurami, zaś interpretacja działań oskarżonych i stosowanie kontrowersyjnej prawnie tzw. klauzuli obejścia prawa podatkowego, zgodna z interesem Skarbu Państwa, nawet jeśli nie podzielił jej później NSA. Autorzy „Księgi” przyznali jednak, że stanowisko przyjęte przez organy kontroli skarbowej w obu powyższych sprawach było błędne i dostrzegli niepokojące informacje, sugerujące polityczno-korupcyjne tło sprawy Romana Kluski.