W międzyczasie poznał reżysera Jareda Hessa i producenta Jeremy’ego Coona. Pierwszy z nich szukał odtwórcy głównej roli do swojej krótkometrażowej komedii Peluca. Jon był dla niego idealnym kandydatem na Setha – zakręconego wyrzutka. Film zebrał wiele pozytywnych komentarzy na festiwalu Slamdance w 2003. Po dużym sukcesie Hess postanowił na podstawie swojej krótkometrażówki stworzyć pełnometrażowy film. Tak właśnie narodził się Napoleon Wybuchowiec. W rolę główną oczywiście znów wcielił się Jon Heder, który z dnia na dzień stał się postacią kultową. Nie tylko stał się rozpoznawalnym aktorem, ale jego postać dodała otuchy wszystkim odrzuconym przez rówieśników dziwakom i samotnikom.
Od tamtej pory Heder nie mógł narzekać na brak filmowych propozycji. Po pewnym czasie przeniósł się do Los Angeles. Z powodu religii swoje role dobierał bardzo skrupulatnie. Nie chciał by jego postacie piły, narkotyzowały się, uprawiały seks lub przeklinały. Wystąpił w teledysku zespołu Imagine Dragons „On Top of the World” (2013).
Życie prywatne 23 listopada 2002 ożenił się z Kristen Bales, którą poznał na studiach. 6 kwietnia 2007 na świat przyszła ich córka – Evan Jane.