Pierwszy raz prototyp PZL.44 wzbił się w powietrze dopiero 20 marca 1938 roku (pilot Bolesław Orliński), a cały cykl prób przeprowadzany w ITL został zakończony w październiku tego samego roku, a więc prawie rok później niż planowano. Po zakończeniu prób samolot na początku listopada poleciał do Paryża, gdzie miał miejsce Salon Aeronautyczny. Pod koniec roku 1938 samolot został przekazany do PLL LOT, by tam przejść próby eksploatacyjne (ze znakami SP-BPJ). Testy te trwały do kwietnia 1939 roku, a maszyna była wykorzystywana do lotów na liniach krajowych. Po próbach tych przedsiębiorstwo PLL LOT rozpoczęło starania odstąpienia od zamówienia, kierując się przede wszystkim niższą ceną samolotów konkurencyjnych. Z uwagi na długi cykl produkcyjny, LOT zakupił jednocześnie w 1938 i 1939 partię 10 samolotów Lockheed L-14H, oferowanych po cenie 340 tys. zł bez silników. Cena pierwszych seryjnych Wichrów miała wynosić 600 tys. zł bez silników (710 tys. zł z silnikami). Powstał na tym tle konflikt między Dowództwem Lotnictwa, nastającym na zamówienie przez LOT samolotów krajowych, a samym PLL LOT, kierującym się względami opłacalności. Przy tym, oceniano, że eksploatacja Wichrów będzie droższa. W kwietniu 1939 władze lotnicze zgodziły się obniżyć cenę seryjnych Wichrów do 372 tys. zł, nie obciążając jej kosztami ogólnozakładowymi.