Po klęsce kampanii wrześniowej w 1939 Wadowice zostały wcielone do III Rzeszy. Pod koniec października budynek gimnazjum zajął niemiecki urząd celny. W lipcu 1942 zawiadomiono klasztor o przejęciu na własność Rzeszy budynków klasztornych i przyklasztornego gospodarstwa. 23 stycznia 1945 celnicy opuścili klasztor i budynek gimnazjum. Ich miejsce zajęły cofające się oddziały Wehrmachtu. Trzy dni później i one zostały zmuszone do opuszczenia miasta. Wcześniej jednak podminowały zabudowania klasztorne. Na szczęście przy pomocy saperów radzieckich miny zostały unieszkodliwione.
Sanktuarium i pierścień papieski 19 marca 2004 słynący łaskami obraz św. Józefa został ozdobiony papieskim Pierścieniem Rybaka Jana Pawła II. W tym samym dniu kościołowi karmelitów bosych „na Górce” ówczesny arcybiskup metropolita krakowski kardynał Franciszek Macharski nadał tytuł sanktuarium św. Józefa.
Niższe Seminarium Przy klasztorze w latach 1892–2004 istniało Niższe Seminarium, zwane też Mniejszym. Wychowało około 250 kapłanów dla Karmelu, m.in. sługę Bożego Anzelma Gądka (1884–1969), bł. Alfonsa Marię Mazurka i świątobliwego duszpasterza chorych o. Rudolfa Warzechę (1919–1999).