W 1993 roku Sutter wyjechał do niemieckiego 1. FC Nürnberg. W Bundeslidze zadebiutował 6 sierpnia w przegranym 2:5 wyjazdowym spotkaniu z Hamburger SV. Swoje pierwsze trafienie na niemieckich boiskach Alain zaliczył 22 października w wygranym 5:0 meczu z VfB Leipzig. Ogółem w sezonie 1993/1994 wystąpił w 29 meczach i strzelił 5 bramek. Klub z Norymbergi zajął jednak trzecie od końca miejsce w tabeli i spadł do drugiej ligi.
Latem 1994 roku Szwajcar przeszedł do najbardziej utytułowanego klubu w Niemczech, Bayernu Monachium. W nowej drużynie swój pierwszy mecz zaliczył 20 sierpnia, a bawarska drużyna pokonała VfL Bochum 3:1. W Bayernie występował w pierwszym składzie, jednak na skutek kontuzji zaliczył tylko 22 mecze i zdobył 1 gola. Klub z Monachium rozczarował kibiców zajmując 6. miejsce w Bundeslidze. Po sezonie Sutter odszedł z Bayernu i przeszedł do SC Freiburg. Przez 2 lata zaliczył 5 trafień w 45 meczach, jednak w 1997 roku Freiburg spadł z ligi.
W 1997 roku Sutter wyjechał do Stanów Zjednoczonych.