5..
Był laureatem zespołowych nagród: Sekretarza Naukowego PAN i Ludowej Spółdzielni Wydawniczej za wydawnictwo źródłowe: Zamojszczyzna - Sonderlaboratorium SS.
Kontrowersje Marek Jan Chodakiewicz i Piotr Gontarczyk zarzucają Madajczykowi w swojej książce Tajne oblicze GL-AL i PPR dyspozycyjność wobec władz komunistycznych, z czym nie zgadza się recenzentka Anna CienciałaChodakiewicz wyraził się także krytycznie o Madajczyku w rozmowie z redaktorką „Naszego Dziennika” Małgorzatą Rutkowską: „A od kogo mieli się uczyć dzisiejsi młodzi historycy? Od dyżurnego komunisty gomułkowca Czesława Madajczyka, w którego sztandarowej pracy trudno odróżnić, co jest ściągnięte z dokumentów Delegatury Rządu, a co jest jego własną "oryginalną" analizą, bo naukowiec ten był tak oszczędny w przypisach?”.
Życie prywatne Był synem Stanisława i Heleny z domu Nicke. Z małżeństwa z Zofią Wojtasińską miał dwóch synów: profesora historii Piotra i Jacka. Mieszkał w Warszawie.