Wody prawie na całej długości rzeki kwalifikuje się do III klasy czystości. Jedynie w Nowej Wsi Ełckiej stwierdzono II klasę. Głównymi źródłami zanieczyszczeń są ścieki z mechaniczno-biologicznej (ze stopniem defosfatacji) oczyszczalni dla Ełku w Nowej Wsi Ełckiej (około m³/d ścieków – kontrola z czerwca 2002 r.) oraz z oczyszczalni gminnej w Prostkach (165 m³/d ścieków – kontrola z września 2002 r.). Mniejsze ilości ścieków są odprowadzane z osiedli mieszkaniowych w Stradunach (około 70 m³/d – kontrola WIOŚ ze stycznia 2000 r.), Bobrach (około 60 m³/d – kontrola z października 2000 r.), Wiśniowie Ełckim (około 20 m³/d – kontrola z marca 2001 roku) i Pietraszach (około 10 m³/d – kontrola z marca 2001 r.). Gorzelnia Rolnicza w Stradunach po zakończeniu kampanii produkcyjnej jednorazowo odprowadzała do rzeki Ełk (poprzez rów melioracyjny) ścieki oczyszczone w ilości około 50 m³/d (kontrola ze stycznia 2002 r.)