W 1388 r. po śmierci arcybiskupa Bodzanty miał objąć stanowiska – metropolity gnieźnieńskiego. Pomimo zgody i nominacji papieskiej nie udało się jednak Kropidle objąć tego urzędu. Decydujący głos miał bowiem król Władysław Jagiełło, który wobec zataczającego coraz większe kręgi konfliktu z Władysławem Opolczykiem wolał nie ryzykować obsadzenia najważniejszego urzędu kościelnego w państwie niepewnym politycznie Piastem opolskim. Z faktem tym Jan Kropidło początkowo nie chciał się pogodzić próbując zorganizować oddziały zbrojne i zawładnąć arcybiskupstwem siłą. Spór o obsadzenie stolca arcybiskupiego trwał aż do 1394 r., kiedy ostatecznie książę opolski nie mogąc wyegzekwować od Jagiełły uznania na stanowisku, zrezygnował. Okres walki o tron arcybiskupi był dla Jana zapewne najcięższy, gdyż przyzwyczajony dotąd do wystawnego życia utracił większość dochodów i musiał drastycznie ograniczyć swoje wydatki.