Lecz Honoriusz nie był pewien swej decyzji, więc zebrał synod rozjemczy, który miał rozstrzygnąć spór między antypapieżem a prawowicie wybranym Bonifacym I, ale Eulaliusz się nie stawił przed synodem.
Honoriusz zapowiedział, że zwoła synod na Spoleto. Antypapież jednak wycofał się na Lateran, a pod nieobecność cesarza dokonał tam poważnych rozruchów. Pod nieobecność Eulaliusza cesarz Honoriusz oficjalnie zatwierdził wybór Bonifacego I. Cesarz nie tylko zatwierdził wybór, ale skazał także antypapieża na wypędzenie z Rzymu. Bonifacy mógł wreszcie rozpocząć normalnie swój pontyfikat. Bonifacy I porozumiał się z cesarzem Honoriuszem w sprawie ostatecznego rozprawienia się z pelagianizmem i nakłonił Honoriusza do wydania edyktu zobowiązującego wszystkich biskupów do złożenia podpisu pod Tractoria papieża Zozyma. Przekonał biskupów afrykańskich, ze św. Augustynem z Hippony na czele, do podpisania tego dokumentu. Papież Bonifacy I wystąpił przeciw cesarzowi Teodozjuszowi II, który chciał wikariat papieski w Tesalonikach założony jeszcze przez papieża Syrycjusza, aby go podporządkować Konstantynopolowi. Dzięki pośrednictwu Honoriusza zdołał doprowadzić do zawieszenia edyktu.