W 1803 roku został asystentem Cuviera w paryskim Collège de France. Lamarck powierzył mu aktualizację swojego dzieła Flore française, do którego de Candolle dodał 1300 gatunków, kierując się systematyką Antoine’a Laurenta de Jussieu (1748–1836) niż systemem Lamarcka. W 1806 roku de Candolle otrzymał zlecenie od ministra ds. wewnętrznych Szampanii zbadania związku pomiędzy botaniką, rolnictwem i geografią na terenie całej Francji. Przeprowadzane badania (1806–12) były podstawą dla opublikowanej w 1813 roku teorii botaniki – Théorie élémentaire de la botanique. W 1808 roku objął katedrę botaniki na uniwersytecie w Montpellier.
W 1816 roku powrócił do Genewy, gdzie objął katedrę historii naturalnej (botaniki i zoologii) na uniwersytecie. Przyczynił się do otwarcia w 1817 roku genewskiego ogrodu botanicznego (fr. Jardin botanique des Bastions). De Candolle angażował się również społecznie, m.in. za jego zaangażowaniem powstało Société d'encouragement pour l'industrie nationale.
Augustin Pyrame de Candolle zmarł 9 września 1841 w Genewie.