Kolejne lata to okres rozbicia, chaosu oraz walk o lokalne przywództwo pomiędzy najsilniejszymi księstwami: Hanthawaddy, Arakanem, Taungoo i Ava. W drugiej połowie XVI w. na kilkadziesiąt lat udało się zjednoczyć kraj królowi Bayinnaungowi z dynastii Taungngoo i założyć Drugie Imperium Birmańskie. Bayinnaung zdobył znaczną większość terytorium teraźniejszej Birmy i podbił syjamską Ajjutthaję, czyniąc z Birmy największe imperium Azji Południowo-Wschodniej. Po śmierci Bayinnaunga większość kraju popadła w rozdrobnienie, jedynie w Górnej Birmie władzę sprawowała ponownie dynastia Taungoo. W 1752 roku stolicę państwa dynastii Taungoo – Awę pod wodzą króla Binnya Dali najechali Monowie. Charyzmatyczny wódz wioski Shwebo – Aung Zeya pokonał Monów, zdobył Awę w 1754 roku, koronował się na króla i przybrał nowe imię – Alaungpaya, a następnie zdobył stolicę Monów – Pegu. Tym samym Alaungpaya założył Trzecie Imperium Birmańskie. Państwo stało się monarchią absolutystyczną, nastawioną na ekspansję terytorialną. W 1766 roku po zwycięskiej wojnie z Syjamem do Mjanmy przyłączono nadmorską prowincję Taninthayi, w 1784 roku Arakan, a w 1816 roku Manipur.
Era kolonialna