W styczniu 2002 Agogo wrócił na Wyspy. Został zawodnikiem Queens Park Rangers i wystąpił w dwóch spotkaniach First Division. Latem trafił do Barnet F.C. W jego barwach w Conference strzelił 20 goli w 40 rozegranych spotkaniach, a po sezonie trafił o klasę wyżej, do drużyny Bristol Rovers. Opuścił 9 meczów z powodu kontuzji, ale zdołał strzelić 7 goli w lidze. W sezonie 2004/2005 jego dorobek bramkowy wyniósł 19 trafień, a w 2005/2006 – 16.
30 sierpnia 2006 Junior po rozegraniu trzech spotkań dla Bristolu podpisał kontrakt z Nottingham Forest. W League One zadebiutował 3 września w wygranym 4:0 domowym meczu z Chesterfield, wchodząc na boisko jako rezerwowy. Natomiast 30 września zdobył swojego pierwszego gola dla Forest, w wygranym 3:1 spotkaniu ze Swansea City. Na koniec sezonu 2006/2007 wystąpił z Nottingham w play-off o awans do Championship, jednak zespół przegrał w 1/4 finału z Yeovil Town. W 2008 roku odszedł do egipskiego Zamaleku. Następnie występował w Apollonie Limassol oraz Hibernianie. W 2011 roku zakończył karierę.