Największe opady występują latem (czerwiec, lipiec), a najniższe zimą i jesienią (styczeń i październik).
Dobra przewietrzalność terenu spowodowana jej znaczną szerokością i kierunkowi południowo-wschodniemu, jak w całym Beskidzie Niskim występuje bioklimat łagodnie bodźcowy z uwagi na położenie w górach. Okres wegetacyjny w Wysowej-Zdroju trwa średnio 185–195 dni. Występują górskie ciepłe wiatry południowe, lecz nie zaznaczają się one tak bardzo jak we wschodniej części Beskidu Niskiego.
Wody
Wody powierzchniowe
Na terenie Wysowej-Zdroju ma swoje źródła największa rzeka tej części Beskidu Niskiego – Ropa, która osiąga długość 78,9 km. Na terenie wsi do Ropy wpływa wiele małych potoków, z czego największe to Medwidek, Szumniak i Ripka, wypływające ze wzniesień Wysoty i Jaworu.
Z uwagi na ukształtowanie terenu spadki są znaczne (do zbiornika Klimkówka 20%), a spływająca woda posiada dużą energię. Wezbrania są w okresie wiosennych roztopów, letnich opadów, grudniowych deszczów, niżówki występują najczęściej we wrześniu.