Zwycięstwo Irlandczyków było jednak krótkotrwałe. Wojska angielskie pod wodzą Ormondów przywróciły kontrolę nad południowym wybrzeżem Irlandii. Zniszczono ziemie Desmondów, zabijając wielu członków tego rodu. W wyniku oblężenia Carrigafoyle Castle, głównej kwatery Desmondów nad rzeką Shannon, udaremniono rebeliantom pomoc wojsk hiszpańskich.
Posiłki papieskie w sile 600 żołnierzy zostały osaczone w jednym z zamków w okolicach Smerwick (hrabstwo Kerry), a następnie zmasakrowane. Stosując politykę spalonej ziemi, Anglikom udało się w końcu zdławić rebelię. W roku 1581 skapitulowała większość sił popierających Fitzgeralda w Munsterze.
Fitzgerald do końca ścigany był przez Anglików. W latach 1581–1583 trwały utarczki partyzanckie. W listopadzie 1583 r. rebelia ostatecznie zakończyła się po tym, jak Earl został zamordowany przez członków klanu O'Moriarty'ego. Przywódca klanu w podziękowaniu otrzymał 1000 funtów w srebrze od rządu angielskiego, głowa Desmonda została natomiast wystawiona triumfalnie na miejskich murach Cork.