Nawa poprzeczna połączona jest z kaplicami. Po lewej stronie znajduje się kaplica Najświętszego Sakramentu, w której można zobaczyć krucyfiks z XIII wieku oraz drewniany posąg św. Pawła ze śladami ognia, który zniszczył poprzednią budowlę. Krucyfiks i umieszczony w pobliżu baldachimu wysoki kandelabr ze scenami Męki Pańskiej to dzieła Pietro Vassalletto z 1180.
Opactwo Obok kościoła znajduje się klasztor, którego dziedziniec otaczają krużganki z XIII wieku, dzieło kamieniarzy szkoły Cosmatich (arte cosmatesca). Cechą charakterystyczną pracy tych kamieniarzy są delikatne kolumienki o rzeźbionych, często skręconych trzonach, niejednokrotnie ozdobione mozaikami. Podobny dziedziniec znajduje się w klasztorze św. Jana na Lateranie. mały|lewo|Dziedziniec klasztoru W klasztorze tym od VIII wieku zamieszkują benedyktyni. Od X wieku do XV wieku należeli on do kongregacji kluniackiej, a od 1425 do kongregacji z Monte Cassino. Bazylika jest siedzibą opactwa benedyktyńskiego pod tym samym wezwaniem, dla których bazylika pełni także rolę kościoła opackiego.
W średniowieczu klasztor wraz z bazyliką był pod szczególnym patronatem królów Anglii, w wyniku czego herb klasztoru zawiera podwiązkę, charakterystyczną dla herbów rycerzy Orderu Podwiązki.