Używały ich też jednostki doświadczalne i jednostka konwersji operacyjnej 228 OCU (Operational Conversion Unit).
Od 1960 roku około 40 samolotów oznaczonych jako FAW Mk 9(F/R) (od: flight refuelling) wyposażono w długą demontowalną sondę do tankowania w powietrzu, z prawej strony kabiny, która ograniczała prędkość do 834 km/h, lecz pozwoliła na dłuższe przebazowania. Cztery tak wyposażone samoloty 23. Dywizjonu przeleciały w 1960 roku z samolotem tankującym Vickers Valiant do Singapuru.
Od początku lat 60. na uzbrojenie samolotów weszły pociski kierowane Firestreak, jednakże w tym samym czasie rozpoczęło się zastępowanie Javelinów przez nowe jednomiejscowe ponaddźwiękowe myśliwce English Electric Lightning. Do października 1964 roku wycofano je z dywizjonów bazujących w Wielkiej Brytanii (ostatni – 23. Dywizjon RAF), do lutego 1966 roku z Niemiec (ostatni – 11. Dywizjon w Geilenkirchen).