W maju 1998 skrytykował zamiary wprowadzenia w Grecji rozdziału Kościoła od państwa, twierdząc, że przetrwanie narodu greckiego było możliwe dzięki prawosławiu, zaś pozbawienie Kościoła statusu państwowego oznacza walkę z tradycyjną kulturą grecką.
W 2001 spotkał się z papieżem Janem Pawłem II, w czasie jego wizyty w Grecji. W 2006 złożył wizytę w Watykanie, odwiedzając papieża Benedykta XVI. Tym samym przyczynił się do poprawy stosunków między Kościołem katolickim a Greckim Kościołem Prawosławnym, które przez wiele lat były bardzo złe. Spotykał się również z przywódcą społeczności muzułmańskiej w Grecji.
W czerwcu 2007 zdiagnozowano u niego raka wątrobowokomórkowego. Hierarcha miał poddać się przeszczepowi wątroby, który został odwołany z powodu bardzo złego stanu zdrowia duchownego (liczne przerzuty). Chrystodulos został jedynie poddany chemioterapii.