Nowy kościół został konsekrowany w 1711 przez biskupa łuckiego Aleksandra Benedykta Wyhowskiego.
W 1839 po kasacie kolegium bartolomitów w Węgrowie kościół opuścili księża bartoszkowie, a świątynia została przekazana w ręce duchowieństwa diecezjalnego.
9 września 1939 kościół został zbombardowany. Przez okres II wojny światowej był zamknięty. Po zakończeniu działań wojennych przywrócono mu funkcje sakralne.
24 grudnia 1992 biskup drohiczyński Władysław Jędruszuk ustanowił przy kościele Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny w Węgrowie kapitułę oraz wyznaczył świątynię kolegiatą diecezji drohiczyńskiej. 28 lutego 1996 biskup drohiczyński Antoni Pacyfik Dydycz ogłosił kościół kolegiacki sanktuarium maryjnym na prawie diecezjalnym. 4 kwietnia 1997 papież Jan Paweł II ustanowił kolegiatę węgrowską bazyliką mniejszą.
Opis kościoła Kościół parafialny w Węgrowie zbudowany jest na planie prostokąta, trójnawowy, przykryty sklepieniem kolebkowo-krzyżowym. Nawy boczne są znacznie węższe od głównej. Fasada świątyni jest typowo barokowa, z trójkątnym szczytem zwieńczonym krzyżem łacińskim oraz figurami świętych apostołów Piotra i Pawła.