Auchinleck, przekonany o sukcesie operacji (w jej wyniku odblokowano twierdzę Tobruk po wielomiesięcznym oblężeniu) dał się zaskoczyć kontrofensywie gen. Rommla. Wojska brytyjskie zostały pokonane w bitwie pod Gazalą i zmuszone do odwrotu. W jego wyniku utracono wszelkie zdobycze terytorialne ostatniej ofensywy, a także Tobruk, zdobyty przez Afrika Korps 21 czerwca 1942 r. Zdemoralizowane przegraną wojska brytyjskie wycofały się na ostatnią linię obrony, zamykającą Rommlowi dostęp do Kanału Sueskiego i irackich pól naftowych. Pod El-Alamein udało się powstrzymać zmęczone, cierpiące na braki w zaopatrzeniu w paliwo i amunicję oddziały niemieckie. Mimo przewagi liczebnej i materiałowej gen. Auchinleck nie zdołał jednak w serii kontrataków pokonać przeciwnika. Chociaż obronił Egipt, został niedługo później odwołany ze stanowiska przez Winstona Churchilla (zastąpił go gen. Harold Alexander)Heathcote, s. 33. Pomimo licznych porażek w czasie walk w Afryce, uznawany był przez niemieckie dowództwo za jednego z najlepszych brytyjskich dowódców w tym rejonie działań wojennych. Premier Wielkiej Brytanii zaproponował Auchinleckowi dowodzenie wojskami brytyjskimi w Persji i Iraku, ale ten odmówił. Powrócił do Indii, gdzie aż do 1943 r.