Po powrocie do zdrowia powrócił do pracy jako lekarz specjalista (ang. registrar) w Guy's Hospital. W 1982 roku został konsultantem Krajowego Oddziału Zatruć (National Poisons Unit) w tymże szpitalu, przyczyniając się do uratowania wielu istnień ludzkich, szczególnie dzieci. Jednocześnie prowadził badania toksykologiczne. Od 1997 był profesorem medycyny wypadkowej i ratunkowej (ang. Accident and Emergency Medicine) na Wydziale Medycyny Imperial College w Londynie w St Mary's Hospital w Paddington. Nie tylko osiągnął wysoki stopień specjalizacji, ale potrafił jasnym i zrozumiałym językiem objaśniać kwestie medyczne. Szczególnie zajmował się skutkami, jakie w młodych organizmach powodują marihuana, kokaina i inne „miękkie narkotyki” oraz podkreślał negatywne skutki społeczne. Wyjaśniał, że ecstasy i amfetamina prowadzą do śmierci wskutek hiperpyreksji i odwodnienia. Należał do pierwszych, którzy zwrócili uwagę na niebezpieczeństwa wypływające z niedoceniania skutków ecstasy i wkrótce otrzymał pseudonim „Mr. E”. Wyniki badań naukowych prof. Henry popularyzował w programach telewizyjnych. Był ekspertem podczas głośnego śledztwa w sprawie – uznanej za cause célèbre – śmierci 18-letniej Leah Betts, zmarłej wskutek zażycia tabletki podczas urodzinowego przyjęcia.