Psycholog kognitywny Steven Pinker ostro skrytykował Zegar w swojej książce nawiązując do pierwotnego celu jego założycieli, jakim miało być „ocalenie cywilizacji przez przerażenie ludzi w celu racjonalnego działania”. Stwierdził on, że cel ten jest wewnętrznie niespójny, a sam Zegar nie jest oparty na żadnych obiektywnych wielkościach dotyczących bezpieczeństwa. Jako przykład podał fakt, że podczas kryzysu kubańskiego w 1962 Zegar był dalej od północy niż podczas „znacznie spokojniejszego” roku 2007. Stwierdził on, że Zegar jest kolejnym przykładem ludzkiej tendencji do historycznego pesymizmu i proroctw samozniszczenia, które się nie wypełniły.
Bulletin i Zegar były często krytykowane przez konserwatywnych komentatorów. Keith Payne w 2010 roku na łamach National Review stwierdził, że Zegar znacząco przeceniał efekty „postępów w dziedzinie testów nuklearnych i prawa regulującego zbrojenia”. W 2018 Tristin Hooper na łamach National Post przyznał, że „jest wiele powodów, aby obawiać się zmian klimatycznych”, jednak zmiany klimatu nie stanowią tego samego poziomu zagrożenia, co całkowita nuklearna zagłada.