Przygotowany przez niego wniosek zaakceptował senat Uniwersytetu Zielonogórskiego i po uzupełnieniu o pozytywną decyzję CK w sprawie uprawnień do doktoryzowania, został skierowany do ministra edukacji. Z dniem 16 lutego 2004 roku minister powołał nowe wydziały Uniwersytetu Zielonogórskiego, w tym Wydział Fizyki i Astronomii. Ważnym wydarzeniem w historii wydziału było uzyskanie w 2012 roku pierwszego uprawnienia habilitacyjnego. Były to wówczas dopiero piąte uprawnienia do nadawania stopnia doktora habilitowanego na Uniwersytecie Zielonogórskim.
Poczet dziekanów 2004–2005: dr hab. Krzysztof Urbanowski - fizyk (fizyka teoretyczna, oddziaływanie fundamentalne) 2005–2008: dr hab. Anatol Nowicki - fizyk (fizyka teoretyczna, teoria pola) 2008–2012: prof. dr hab. Piotr Rozmej - fizyk (fizyka teoretyczna, modelowanie numeryczne) 2012–2016: prof. dr hab. Giorgi Melikidze - fizyk (astrofizyka) od 2016 r.: prof. dr hab. Andrzej Drzewiński - fizyk (teoria ciała stałego)